Após a conquista dos territórios da América, os espanhóis passaram a se preocupar em não repetir com o extermínio ocorrido nas ilhas das antilhas. Começava a exigência do reino espanhol pelas suas posses garantidas pelo Tratado de Tordesilhas.
Em 1503 o governo espanhol criou a Casa de Contratação, garantindo a regulamentação das trocas comerciais entre a Espanha e suas colônias, com o passar dos anos o Conselho das Índias assumiria a responsabilidade maior por este comércio. Outra medida foi a criação de Vice-Reinos, no século XVI seriam criados dois - os Vices-reinos do Peru e da Nova Espanha, no século XVIII surgiriam outros dois novos Vices-reinos, o de Nova Granada e Rio da Prata. O rei controlava todo o processo, o Conselho das índias reportava tudo a ele e a nomeação dos vices-reis e capitães-gerais também eram nomeados pelo monarca.
A Igreja teve um papel muito presente na presença do governo espanhol na América. Como o regime era de padroado, a Igreja estava submetida ao governo real, desta forma a Coroa que nomeava os bispos e controlava os benefícios adquiridos pela Igreja, como os dízimos. Desta forma, todas as ações da Igreja na Colônia deveriam ser aprovadas pelo rei.
As Missões, eram atuações da Igreja na colônia, que reuniam indígenas em aldeamentos, que ganhavam a alcunha de Missões ou Reduções. O objetivo maior destes aldeamentos era converter os nativos ao catolicismo, era uma das medidas da Contrarreforma. Estas missões eram comandadas por diversas congregações da Igreja, como dos franciscanos, dominicanos e jesuítas. A transmissão dos valores cristãos e da cultura europeia era transmitida através de várias formas, como peças de teatro, pinturas, esculturas, entre outros...
A presença espanhola na América transformou as camadas sociais existentes, de forma bastante rígida, a sociedade colonial era dividida de acordo com os níveis econômicos e étnicos. Os Brancos (europeus) formavam o grupo mais privilegiado, dividido entre Chapetones e criollos, já os originários de escravizados da África e indígenas, estavam entre os de hierarquia social mais baixa.
Ao abordarmos as relações econômicas, lembramos que os maiores fundamentos econômicos daquele tempo estavam baseados no mercantilismo, logo, os interesses de nobres, aventureiros e comerciantes eram associadas ao interesse da Monarquia, que desejava enriquecer e fortalecer o Estado Absolutista. Após os saques ocorridos na conquista, os espanhóis vão buscar na extração do ouro e da prata a sua atividade comercial mais lucrativa, um dos princípios do Mercantilismo - o metalismo.
Onde não era possível extrair metais preciosos, os espanhóis implementaram as plantations de cacau, cana-de-açúcar, tabaco e algodão, assim como a agricultura voltada para o próprio abastecimento das regiões colonizadas.
A mineração nas colônias espanholas fora predominante neste período de domínio europeu. Em duas décadas, todo o ouro extraído historicamente pelos nativos do continente, foi apropriado pelos espanhóis. Após este período (entre 1520-1540) nós temos uma busca por novas fontes de metais preciosos no continente. Em 1545 no Vice-Reino do Perú (na atual Bolívia) é descoberta uma montanha de prata - a famosa mina de Potosí. Algumas áreas eram exploradas diretamente pela Coroa Espanhola, mas a maioria delas era cedida a iniciativa privada, na qual deveria pagar 20% do ouro extraído para a Coroa. A intensificação da atividade mineradora acabou transformando a antiga economia dos impérios da América, agora toda a atividade comercial era voltada a atividade mineradora, casas, igrejas, produção de alimentos e roupas, criação de cavalos e mulas, tudo isso existia em razão da atividade mineradora. Estas outras atividades econômicas geravam mais impostos e mais lucro para a Coroa espanhola. Essa mineração poderia acarretar na ascensão social do indivíduo, mas o impacto maior era o genocídio das populações locais na exploração das minas, assim como a desestruturação dos antigos padrões culturais e econômicos existentes na região.
Nas colônias espanholas, predominou nos primeiros anos a escravidão indígena, porém com o banimento da escravidão pela Igreja (o que foi contornado pelas Guerras Justas) a mão-de-obra escravizada dos nativos teve que sofrer algumas modificações. A primeira formas de organização da mão-de-obra indígena chamava-se encomienda, onde os povoados eram distribuídos a espanhóis, estes poderiam cobrar impostos ou a corveia (trabalhos). Aliás, tanto astecas como incas já tinham um sistema parecido de corveia como forma de tributo aos povoados dominados. Esta política logo começou a ser combatida pela própria coroa espanhola, já que muitos colonos abusavam do seu direito a encomienda apossando-se inclusive, dos povoados locais, o que não era permitido. No final da colonização espanhola, este sistema já não tinha tanta importância. Outro sistema de exploração de mão de obra local era o repartimiento, inspirado numa prática inca, homens eram sorteados nas aldeias para a prática de serviços temporários para os governos locais ou para as fazendas dos colonos. Os próprios chefes locais eram responsáveis pelo sorteio e tentavam controlar a mão-de-obra cedida para evitar o desabastecimento do seu povoado. Estes serviços eram temporários, mas não significa que não havia violência, abuso e morte por trás destas formas de trabalho compulsórias.
Existiam outras modalidades de trabalho na colônia, mas a liberdade e a escravidão eram linhas tênues. Alguns mestiços conseguiam uma maior liberdade e até mesmo salários razoáveis, mas só se eles tivessem trabalhos especializados, como o artesanato ou preparação da amálgama (processo químico com mercúrio que separava o ouro de outras impurezas). A maioria era explorada pelos proprietários de terra, que permitiam a retirada de mercadoria pelos nativos em troca de trabalho, muitas vezes a dívida era tão grande que o trabalho tornava-se compulsório, lembrando muito a relação existente na antiguidade com a escravidão por dívidas.
